Das Patronat über die Pfarrei Ellwangen war von Herzog Sigmund von Österreich 1467 der Universität Freiburg überlassen worden. Diese Einverleibung wurde von Bischof Hermann von Konstanz 1469 bestätigt.
Pfarrer Bannhard, der 1. Chronist der Ellwanger Pfarrchronik, schreibt: "Nach den ältesten Pfarrakten, die vorliegen, mag vielleicht im Jahre 1430 die Pfarrei Ellwangen ihr Entstehen erhalten haben". Er gibt die Namen einiger Pfarrer an, die ab dieser Zeit in Ellwangen pastorierten.
Bis 1470 war Bellamont Filiale der hiesigen Pfarrei. Die damalige Kirche wird zwischen 1465 und 1469 als ruinös bezeichnet. Für die Wiederherstellung stellte der Bischof von Konstanz Bettelbriefe aus.
Graf Johannes von Sonnenberg zog das Patronat mit den Zehentrechten an sich und übergab es seinem im Jahre 1500 gestifteten Franziskanerkloster in Wolfegg. Den Bau und die Gründung dieses Klosters hatte er vor seinem Zweikampf 1487 für den Fall des Sieges gelobt. Von Kaiser Max von Österreich erbat er die Einwilligung, dass er den Großzehnt in Ellwangen mit einem Ertrag von 400 Scheffeln nach Abzug von 50 für den Vikar, seinem Kloster in Wolfegg einverleiben dürfte. Der Kaiser gestattete dies am 8. April 1510.
Aber sein Nachfolger Georg III., der Bauernjörg, wies diese Franziskaner wieder davon und machte aus dem Kloster ein Kollegiatstift, dem Vogtrecht und Großzehnt in Ellwangen zugewiesen wurde. In der Chronik sind dazu kritische Anmerkungen zu finden: "Unter Pfarrer Konradus wurde die Pfarrei dem Stift Wolfegg incorporiert. Ab dieser Zeit durften die Seelsorger nur mit Pfarrvikar, nicht mit Pfarrer, unterschreiben. Vorher ist ein jeweiliger Pfarrer Groß- und Kleinzehnt Dezimator gewesen und hat ein schönes Wittum (Pfarrgut) gehabt. Der greise und kranke Pfarrer sollte auf seine Kosten ein neues Pfarrhaus erstellen; doch das Stift wolle die Baukosten auf sich nehmen, dass er in seinen alten Tagen in Ruhe und Zufriedenheit leben könne. Das listige Kollegiat war aber nur auf den Großzehnt aus". Dem Pfarrer blieb danach neben verschienenen anderen Pfründen nur der Kleinzehnt. Schon damals soll es schlechte "Steuerzahler" gegeben haben: "... Nochmals ist zu rügen und das ist, dass der Pfarrer zur Eintreibung des Kleinzehnt von höherer weltlicher Stelle keinerlei Unterstützung hat. Martini ist die Zeit, zu welcher der Kleinzehnt sollte bezahlt werden; allein es kann Jakobi werden, zu welcher Zeit noch manche Restanten zum Vorschein kommen oder einige zahlen gar nicht. Sollte eine Pfarrstelle aussterben, welche Confusion würde alsdann entstehen".
Als die Pfarrkirche im 30-jährigen Krieg zerstört wurde, war es an der Zeit, eine neue und größere zu bauen. Dabei kam es zu einem Rechtstreit, der damals auch in weiteren Kreisen auf Beachtung stieß. Es ging um die Frage, ob der Graf von Zeil, also der Grundherr, oder das Stift zu Wolfegg baupflichtig sei. Der Streitfall kam damals vor die geistlichen Richter bis nach Konstanz. Von diesen wurde der Dekan des Kapitels, der Pfarrer zu Eintürnen, mit der Untersuchung beauftragt. Eine Entscheidung erfolgte allerdings wegen des nahen Todes des Truchsessen nicht mehr.
Die Nachrichten über den Bau der Kirche sind sehr spärlich.1648 wurde die Kirche umgebaut, das Langhaus erhöht und auf einer Seite neu aufgemauert, der Glockenturm ebenfalls erhöht und die Sakristei unter Dach geführt.
Die Pfarrchronik berichtet, dass es in der nachfolgenden Zeit etliche religiöse Einrichtungen und Gebräuche gab, die auf einen tiefen Glauben unter der Bevölkerung schließen lassen.
Nach einer alten Urschrift waren die Ellwanger Pfarrangehörigen sehr unglücklich, weil Schauer und Hagel ihre Winter- und Sommerfrüchte beinahe ganz zerstörten. Diese unglücklichen Naturereignisse brachten sie dahin, dass sie das feierliche Gelübde machten, jeden Samstag wie den Sonntag zu feiern und zu heiligen und von jeder knechtlichen Arbeit abzusehen. Weil dieses Gelübde aus verschiedenen Ursachen nach und nach zu beschwerlich fiel, wünschten sie, dass dieses in andere gute Werke abgeändert werde. Der damalige Pfarrer Nikolaus Schmid, Doktor der Theologie und später Stadtpfarrer von Wurzach, ersuchte beim Ordinariat zu Konstanz untertänigst um Abänderung des besagten Gelübdes. Die hochbischöfliche Resolution war: Statt des gemachten Gelübdes müsse die Pfarrgemeinde künftig in jedem Monat 2 heilige Messen zur Abwendung des Schauers und Hagels lesen lassen.
Neben diesen 24 sogenannten Monatsmessen bestand lange Zeit ein Meßbund für Männer und Frauen, um für die verstorbenen Mitglieder die Seelenruhe zu erflehen. Jedes Mitglied musste nach dem Tode eines Mitbruders 15 Kreuzer für die Seele des Erblichenen zahlen.
Außerdem bestanden die sogenannten 4 Festopfer, die aber wegen des unerträglichen Polterns und Gespranges auf der Emporenstiege abgeschafft wurden. Dafür wurde aber eingeführt, dass für einen Kommunionzettel allzeit 1 Kreuzer bezahlt werden soll.
Damals trafen Ellwanger und Wurzacher Gläubige beim Bittgang stets in der Kirche zu Dietmanns zusammen. Die kleine Kirche vermochte alldort die vielen Gläubigen nicht aufzunehmen und so entschloss sich Ellwangen, für die Zukunft den Kreuzgang nach Bellamont zu machen.
Die Erzbruderschaft Maria vom Trost und der hl. Mutter Monika war wohl er bedeutendste Glaubensbund in der Pfarrgemeinde. Er wurde am 8. Mai 1707 vom Konstanzer Ordinariat approbiert und unter dem damaligen Pfarrer Jakob Schlegel besonders gefördert. Diese Erzbruderschaft wurde 1495 von den Augustinern ins Leben gerufen. Sie verpflichtete ihre Mitglieder, den schwarzledernen Bruderschaftsgürtel zu tragen und täglich 13 Vaterunser zu beten.
Von der Hand des Malers Franz Josef Müller, der mit einer Schwester des damaligen Pfarrers Hogg verheiratet war und der 1777 den Kreuzweg in der Wurzacher Pfarrkirche schuf, stammt auch das schöne und wertvolle Maria-Trost-Bruderschaftsbild, das er nach einer Holzplastik von Johann Ruez, einem bekannten Bildhauer, gestaltete. Dieses Kleinod befindet sich heute nicht mehr hier.
In Ellwangen lebte auch einige Jahre der Wurzacher Maler G. Weiß, der hier zugleich noch Schullehrer und Mesner war. Wegen einer Streitsache mit der Stadt Wurzach war auch Ruez vorübergehend in Ellwangen; eine kleine Künstlerzunft... Nicht immer waren die Pfarrer mit der Glaubenseinstellung und Frömmigkeit zufrieden. So wird geklagt: "Dass nach der Sonntagsschule und der nachfolgenden Christenlehre die jungen Leute nicht auch noch die abschließende Vesper besuchen, und durch das Hinweggehenwollen aus der Kirche ein großes Ärgernis geben. Viele der Männer stehen während der Predigt in der Nähe der Kirche herum."
Das Pfarrhaus wurde 1731 unter dem Schweizer Pfarrer Roussi erbaut, der mit eigener Hand diesen Pfarrhofbau in das uralte Taufbuch verzeichnete.
Wie schon vor Jahrhunderten einmal muss die Ellwanger Pfarrkirche ein trauriges Aussehen gehabt haben. Pfarrer Bannhard schreibt 1828: "Man kann ohne Entsetzten kaum mehr in die Höhe sehen. Mit Recht kann man sie die Kirche zu St. Johann in der Wüste nennen. Das Kirchendach hat doch auch bei der finstersten Nacht rund umher vom Giebel bis unten soviel Helle, dass man leicht durch das Dach alle Sterne am Firmament zählen kann. Durch den eindringenden Regen wurde sogar der Glockenstuhl morsch, auf der Männerseite regnet es fein herab, so dass man bald das Regendächle aufspannen muss".
Trotz der vom Kirchenvisitator bestätigten Notwendigkeit eines Baues wurde noch längere Zeit nichts unternommen. Es wiederholt sich die Klage über das geizige Stift Wolfegg und die nicht erscheinende Baukommission. "Wir haben ein Babylon, aber es geschieht nichts".
Vielleicht hat zur Verzögerung auch die 1821 ohne Wissen der bischöflichen Finanzkammer eigenmächtig erfolgte Einpfarrung der Parzelle Truilz nach Ellwangen beigetragen.
Endlich wurde der Bau 1861 genehmigt. Der Umbaukostenvoranschlag betrug 17.000 Gulden. Am 18. April 1862 wurde das Schiff abgebrochen: "Beim Abbruch der Seitenaltäre fanden sich Reliquienkästen vor. Auf Pergamentblättchen stand: Am 6. August 1770 habe ich, Augustus Johannes von Nepomuk, durch Gottes und des apostolischen Stuhles Gnaden Bischof von Ephiphania und Weihbischof von Konstanz, C. Bidthornstein in Weserdingen diesen Altar zu Ehren der seligen Anna geweiht. Ich habe in Ihm die Reiliquien der hl. Martyrer Florus, Felix und Konstanz eingeschlossen".
Über den Kirchenumbau heißt es weiter: "In den ersten Wochen wurde der Gottesdienst im Chor, danach aber wegen der Gefährlichkeit des Gewölbes im nördlichen Schulzimmer gehalten. Dank der göttlichen Vorsehung und einer milden Witterung wurde am 19. November 1862 unter allgemeiner Freude der Bevölkerung und weithin schallenden Böllerschüssen das Kirchendach aufgeschlagen. Am Abend wurden die Handwerksleute von der hiesigen Trompetermusik auf dem Bauplatz abgeholt und ins Wirtshaus begleitet, wo sie auf Kosten der Gemeinde mit Bier und auf Kosten des Pfarrers mit einem frugalen Essen bedacht wurden. Sie überließen sich umso mehr ungeteilter Fröhlichkeit, als die gefährliche Arbeit durch keinen Unfall gestört wurde".
Die Innenrenovierung erfolgte in den Jahren 1863/64, und am 21. Juni 1864 wurde die Kirche vom Bischof von Rottenburg, Josef von Lipp, feierlich eingeweiht. Die Einweihung der Kirche und die darauf gespendete Firmung dauerte von 7 bis 11 Uhr.
Anscheinend war der nachfolgende Pfarrer doch nicht zufrieden: "So schön die Kirche nun von außen sich präsentiert, so wenig entspricht das Innere dem Äußeren. Die Wände des Schiffes haben einen namenlos eintönigen, langweiligen weißen Anstrich. Die Holzdecke samt Gebälk war im Eisenbahnerstil gelb angestrichen mit schwarzen Randverzierungen. Deshalb erhielt die Kirche eine schöne, dekorative Malerei".
Die heutige Pfarrkirche St. Ursula und Kilian
Bei einer durchgreifenden Erneuerung entfernte man 1935 die figürliche und ornamentale Ausmalung von Schiff und Chor und ersetzte sie durch wandbildhafte Fresken von A. Blepp.
- Im Chorschluß den Gekreuzigten zwischen anbetenden Engeln und den Vertretern von Ständen und Kirche
- im Schiff an der oberen Chorbogenwand die Apostel
- über dem Chorbogen Maria
- dann links am Bogen herab als Vertreter für jedes Jahrhundert und bestimmte Glaubensbewegungen, die Heiligen Agnes, Franz von Sales,
Don Bosco, Petrus Canisius, Bonifatius, Paulus
- rechts herab Elisabeth, Konrad von Parzham, Wendelin, Albertus Magnus, Kilian und Augustinus
Von Blepp sind auch die Kreuzwegstationen.
Am nördlichen Nebenaltar zeigt ein Triptychon: in der Mitte Maria vom Trost mit Ellwangen im Hintergrund, auf den Flügeln den Märtyrertod der hl. Ursula und ihrer Jungfrauen bei der Ankunft in Köln, sowie das Sterben des Josef Engling im Grabenkrieg 1918 vor Cambrai; er war ein Mitbegründer des Schönstätter Bundes.
Wertvoll sind die Holzbildwerke, aus denen ein spätgotischer hl. Sylvester Memminger Herkunft herausragt, weiterhin ein Gekreuzigter aus dem 18. Jahrhundert, ein hl. Sebastian von 1630/40, ein Auferstandener, vielleicht von J. Ruez um 1720, ferner eine spätbarocke Gruppe Mutter Anna mit Maria als Kind. Die Altarweihe fand am 25. Oktober 1935 statt und wurde von Bischof J. B. Sproll vorgenommen.
Während des Krieges wurden 1942 zur Herstellung von Munition die Glocken eingezogen, nur die kleinste blieb. Die abgegebenen Glocken wurden 1947 wieder im Lager Lünen gefunden und zurückgebracht. Da das frühere Geläute einen schlechten Klang hatte, wurde die große Glocke umgegossen und zwei neue bestellt. Die feierliche Glockenweihe war am 18. April 1950.
Im Glockenstuhl hängen heute:
- Christkönigsglocke (neu) mit der Inschrift: "Vom Krieg zurück, zu Fried und Glück, erstand ich neu, Dir König treu."
- Bruderschafts- und Marienglocke (neu): "Maria vom Trost, so niemand verstoßt. Ave Maria."
- Ursula- und Kiliansglocke (neu): "Ursel und Kilian, ziehet uns himmelan. Gottes Ehr und Menschen Freud, sei euer Geläut."
- Alte Marienglocke (1767) aus einer Biberacher Werkstatt (Johann Daniel Schmelz)
- Alte St. Kiliansglocke: "J. B. Ernst in Memmingen und Otto Sartor von Kempten gossen mich 1681" (Mit dem Wappen des Reichserbtruchsessen Grafen Maximilian Franz zu Wolfegg)
- Alte kleine Wetterglocke: "Facta sub B. Roussi, 1729 Rapperschweilano parocho"
Die aus dem Jahre 1865 stammende Orgel von C. Weigle wurde 1953 durch eine neue der Gebrüder Reiser, Biberach, ersetzt.
1960 verputzte man die Backsteinwände der Pfarrkirche und 1963 wurde das alte Mesnerhaus zum Marienheim umgebaut.
Am 21. Juni 1964 feierte die Pfarrgemeinde das 100jährige Jubiläum der Pfarrkirche. In den letzten Jahren wurde das feuchte Gemäuer trockengelegt und in diesem Jahr mit der Innenrenovation unter der Leitung von Architekt Igl, Ochsenhausen, und Kichenmaler Lutz aus Leutkirch begonnen.
Zur Gemeinde Ellwangen gehören einige schmucke Kapellen und Bildstöcke:
Die Kapelle von Tristolz, die 1949/50 von Architekt A. Weigert erstellt wurde, der auch das Fresko der Mutergottes von Fatima schuf.
Recht gute Holzfiguren sind in der älteren Kapelle von Wirrenweiler zu sehen. Hier ist auf den aus der Memminger Schule stammenden hl. Sylvester und einen hl. Sebastian aus der Schule der Brüder Zürn hinzuweisen.
Nahe bei der alten Dietenberger Kapelle ließ J. Pfender eine neue, größere bauen. In dieser stehen einige bemerkenswerte Holzfiguren. Ein hl. Josef aus der Zeit um 1740, die hl. Kilian und Ursula und ein Gekreuzigter von 1530/40.
Die 1933 von K. Merk in Pfaffenried zu Ehren des hl. Josef, die 1935 auf dem Laienhof zu Ehren des Bruders Konrad und die 1958 in Truilz erbauten Kapellen sind neueren Ursprungs.
Hingegen älter sind das 1881 auf dem Tristolzer Berg aufgestellte Feldkreuz, ebenso dieses von Lindengraben mit den Leidenswerkzeugen und besonders die 1751 errichtete und 1951 erneuerte Bildsaul, in der man Besen gegen "Aisen" abstellte. Sie zeigt eine volkstümliche barocke Kreuzgruppe mit dem zermarterten Christus und der Schmerzenmutter Maria in Nachahmung des Steinbacher Gnadenbildes. Die Spätgotischen Figuren der hl. Margarethe und Katharina wurden sichergestellt. Seit 1773 werden dorthin freitags Bittgänge gemacht.
An der Friedhofsmauer liegen ein Sühnekreuz aus Sandstein und ein in 2 Stücke zerbrochenes aus Tuffstein.